Grupa terrorystyczna Haqqani Network zaczęła pojawiać się w raportach agencji wywiadowczych działających w Afganistanie i Pakistanie w latach 2004-2005. Nazwa sieci wiąże się z nazwiskiem dowódcy polowego Jalaluddina Haqqaniego, który walczył z wojskami sowieckimi.
Podczas pobytu wojsk sowieckich w Afganistanie Jalaluddin Haqqani był znanym dowódcą polowym, wspieranym przez Centralną Agencję Wywiadowczą USA udzielającą pomocy finansowej.
Po wycofaniu wojsk radzieckich wojna domowa w Afganistanie trwała nadal. Haqqani brał udział w kilku dużych operacjach, jego autorytet znacznie się zwiększył. W 1992 r. brał udział w negocjacjach pokojowych między walczącymi stronami, następnie został ministrem sprawiedliwości Afganistanu i piastował to stanowisko przez cztery lata.
Po zdobyciu Kabulu przez talibów w 1996 r. Haqqani przeszedł na ich stronę i został mianowany ministrem spraw granicznych. W praktyce doprowadziło to do tego, że całkowicie kontrolował prowincję Paktia, w której mieściły się obozy szkoleniowe al-Kaidy, zniszczone później przez Amerykanów. Po rozpoczęciu przez USA operacji przeciwko talibom Haqqani zaczęli dowodzić ich siłami zbrojnymi, ale nie byli w stanie oprzeć się najeźdźcom. Talibowie zostali pokonani, Haqqani zaczął prowadzić wojnę partyzancką i wkrótce został nazwany przez Amerykanów jednym z sześciu najbardziej poszukiwanych terrorystów Talibów.
Działania Haqqaniego przeciwko siłom rządowym i armii amerykańskiej były bardzo udane, od połowy lat 2000. w doniesieniach z Afganistanu zaczęły pojawiać się wzmianki o „Sieci Haqqani”, co wskazywało na wzrost wpływów tego watażki. Od 2006 roku, wraz z Haqqanim, jego syn Sirajuddin (Siraj) kieruje siecią. Od 2007 roku to Siraj rządził grupą w związku z pogarszającym się stanem zdrowia ojca. Ściśle powiązana z talibami grupa terrorystyczna Haqqani działała jednak niezależnie i nigdy nikomu nie uległa.
Wkrótce kierownictwo „Sieci Haqqani” obejmowało już kilku członków rodziny jej założyciela i szereg dowódców polowych, grupa kontrolowała kilka prowincji Afganistanu. Od 2008 roku grupa zaczęła wykorzystywać zamachowców-samobójców do przeprowadzania ataków terrorystycznych, władze USA zaczęły postrzegać ją jako największe zagrożenie dla wojsk amerykańskich w Afganistanie. Według służb wywiadowczych liczba członków sieci w 2010 roku wahała się od 4 do 15 tys. osób. Ze względu na zamknięty charakter grupy trudno było dokładniej oszacować liczbę bojowników.
Od 2008 roku syn założyciela grupy, Siraj Haqqani, został wpisany przez Stany Zjednoczone na listę terrorystów, od 2009 roku za informację o nim ogłaszana jest nagroda w wysokości 5 mln dolarów. W kolejnych latach do listy terrorystów zostali dodani Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani i Badruddin Haqqani.
Przez długi czas władze USA nie odważyły się oficjalnie włączyć „Sieci Haqqani” do liczby grup terrorystycznych, ponieważ wciąż liczyły na porozumienie z przywódcami tak wpływowego ruchu. Służby wywiadowcze kraju odbyły nawet spotkania z przedstawicielami sieci, ale nie udało im się osiągnąć żadnego porozumienia.
Sytuacja ostatecznie wyjaśniła się we wrześniu 2011 roku, kiedy terroryści z sieci Haqqani zaatakowali dowództwo sił NATO i ambasadę USA w Kabulu. Ofiarami ataku padło 16 osób. Stało się jasne, że nie będzie możliwe osiągnięcie porozumienia z terrorystami, a we wrześniu 2012 roku ogłoszono, że Stany Zjednoczone dodały Sieć Haqqani do listy grup terrorystycznych.
